Les données générales concernant la découverte des Manuscrits de la mer Morte, à partir de 1947, dans les grottes de la Commanderie essénienne de Qumran sont bien connues du grand public, et ont fait l'objet de nombreuses publications. Mais la teneur de ces rouleaux  bibliques et sectaires, en hébreu et araméen, leur interprétation, leur datation,  leur perspective messianique et eschatologique soulèvent encore des controverses parmi les spécialistes. 

 La plupart  hésitent à rattacher Jean Baptiste, et surtout Jésus de Nazareth, voire ses premiers disciples, à ce milieu  les nombreuses affinités que dévoile l'Evangile entre l'essénisme et le christianisme. Pourtant, c'est au premier siècle avant Jésus Christ, à la fin du règne corrompu des derniers Hasmonéens que le parti des Esséniens a entamé une  réforme morale et doctrinale du judaïsme, sur le thème central la "Nouvelle Alliance".
A leur tête dominait un grand prêtre doublé d'un prophète, ayant conservé l'anonymat, qui fut persécuté par les partis juifs au pouvoir, au temps d'Alexandre Jannée et ses fils. Surnommé le "Maître de justice" par ses disciples, il est l'auteur de la fameuse Règle de la Communauté et du Rouleau des Hymnes, deux documents essentiel de Qumran illustrant bien l'idéologie et la théologie du salut selon les Esséniens. Dans la Règle, le chef de la secte envisage l' "avènement du Prophète (eschatologique)et des oints d'Aaron et d'Israël", et dans ses Hymnes, il espère la  "venue du Rejeton", entendons le Messie davidique d'Isaïe et des Psaumes bibliques, qui sortira de la Plantation de sainteté, qu'il a fondée, c'est à dire de la Communauté de la Nouvelle Alliance. Après sa mort, l'Ecrit de Damas continue d'attendre "la venue du Messie d'Israël", et de plusieurs autres fragments de Qumran, confirment ce fait capital. Les Esséniens pensaient qu'au moment décisif Dieu allait "engendrer le Messie parmi eux", et qu'il viendrait pour le salut d'Israël, en "expiant l'iniquité" du peuple, pour le rétablir dans l'Alliance éternelle. 

En attendant, la "Congrégation des Pauvres", vivait retirée au désert pour suivre "la Voie" de Dieu, d'après le texte d'Isaïe 40: 3s., que l'Evangile rattache à la prédication de Jean Baptiste. Et ce dernier reconnait officiellement en Jésus l'Agneau de Dieu, le Sauveur Messie, déjà prophétisé et attendu d'après les documents sectaires et les testimonia messianiques de la mer Morte. N'est-ce pas là le signe d'un lien historique direct entre l'essénisme et le christianisme, dont témoigne la  proclamation de  Jean Baptiste? Le Sermon que Jésus adresse à la foule des  "Pauvres" en Galilée, peu après sa "retraite au désert" (Mat 5-7), est d'esprit essénien, jusque dans certaines formules caractéristiques. Mais surtout, nous constatons que Jésus consacre en sa personne, par son sacrifice volontaire "la Nouvelle Alliance" pour la rémission des péchés, dans le repas de la Cène pascale, avant sa Passion. Cette Nouvelle Alliance  était le mot d'ordre de la réforme essénienne, et l'Evangile vu sous ce rapport, en marquerait l' "accomplissement", le dénouement, comme le suggère le message du Sauveur et le grand symbole de la sainte Cène. Déjà, au moment du baptême, Jésus déclare à Jean, qui se trouve de "denouer la courroie de ses sandales" pour le baptiser: "laisse faire... car c'est ainsi qu'il nous convient d'accomplir toute la justice" (Mat 3: 15). 

Aucun fragment de Qumran ne suggère que les Esséniens aient "trouvé" le Messie chargé d'édicter les "nouvelles" ou "dernières ordonnances" pour Israël, et d'accomplir le plan du salut par le sacrifice. C'est l'Evangile qui s'en charge, marquant ainsi la transition décisive entre l'attente du Sauveur et sa venue. Juste après le témoignage capital de Jean Baptiste au Jourdain, ses propres disciples suivent Jésus. André va prévenir son frère Simon Pierre et lui dit: "Nous avons trouvé le Messie" (Jean 1: 41) Philippe déclare de même à Nathanaël: " Celui dont Moïse a écrit dans la Loi, ainsi que les prophètes, nous l'avons trouvé ! C'est Jésus, le fils de Joseph, de Nazareth! " ( 1: 45).
Sans la prédication essénienne et le témoignage de Jean Baptiste, qui l'ont préparé, nous n'aurions sans doute pas l'Evangile, et Stéphane Ruspoli incline à penser que Jésus fut pressenti comme le Messie attendu par les Esséniens avant de l'être par ses apôtres et son Eglise....