Manifestant un esprit indépendant, il fonde avec Stanislas de Guaita l'Ordre Kabbalistique de la Rose-Croix auquel appatiendront Papus, Erik Satie et Claude Debussy. Prétextant un refus de la magie opérative, il se sépare du groupe en 1891 pour fonder l' Ordre de la Rose-Croix Catholique et esthétique du Temple et du Graal. Sans fausse modestie, il affirme : « J'ai conquis, à force de talents, peut-être de génie, le droit de ma pensée pleine, entière, et devant tous. J'ai six mille nuits durant valeureusement aimé la langue française ; je puis tout dire en français. J'y suis burgrave sans vasselage».
Péladan avait avant tout la religion de la beauté, qu'il enveloppait des volutes d'encens d'un mysticisme oriental. Il ambitionnait d'extirper la laideur du monde moderne.